Однозначно, лучше хранить в БД. Когда придет время обрабатывать данные что вы будете делать с файлом? Будете считывать его весь в память, сплитить на список списков, переводить все числовые данные из текста в числа и только потом обрабатывать? Это повторное изобретение уже изобретенных механизмов. Я уже молчу о том, что хранение данных в файле потребует гораздо больше места на диске. Например, для хранения 7-значных целых чисел в десятичной системе счисления в БД потребуется поле размером в 3 байта (проверьте сами). Для хранения же в файле потребуется 7 байт на число. Увеличение занимаемого места на диске повлечет увеличение нагрузки на СХД (будет дольше происходить чтение) и увеличение расхода памяти. Или ещё, как вы будете осуществлять быстрый поиск/фильтрацию/сортировку данных из файла? В БД для этого существуют индексы.

Если же просто сохранять какую-то информацию, то проще, конечно, чисто в файл.