Ну во-вопервых не бойтесь множества коммитов какая разница (если Вы не из тех которые устанавливают громкость телевизора величине кратное 5) это очень удобно когда шторм подсвечивает изменения и вы в один клик можете вернуть старую версию того или иного куска кода или быстро посмотреть что было до ваших правок и не злоупотреблять комбинацией ctrl+z которая имеет свой лимит или же после выхода из шторма очищаться. А во-вторых по поводу ФТП включите фтп-пользователя в группу или наооборот админа в одну группу с фтп-пользователем и настраивайте папки на группу.