Есть множество вариантов. На мой взгляд в качестве протокола наиболее удобно использовать ssh (sftp). Вы не написали, в какой ОС вы работаете, но я просто упомяну, что чтобы не привязываться к IDE можно использовать, например, winscp(Windows) или lsyncd(linux) для live синхронизации кода. В phpstorm, насколько я понимаю, наряду с ftp можно выбрать и sftp. Но нужно понимать, что переключении между ветками, когда код изменяется не через сохранение файла, а извне редактора он не будет синхронизирован с сервером. В таком случае для синхронизации всего кода удобно использовать rsync (что на linux, что на windows). Насчет пользователя и прав - на мой взгляд, веб-сервер не должен иметь прав на запись к исходному коду. То есть нужно при создании инстанса на сервере создать структуру папок, где веб-сервер имеет права на запись только к runtime директориям. А синхронизируемый код - он должен быть доступен серверу только на чтение. Отмечу, что я говорю именно об "девелоперском" инстансе, который нужен исключительно для текущей работы. Для инстансов, которые деплоятся автоматически из git ситуация с правами может быть иной и это отдельный вопрос.