Работаю аналогично, использую NFS (network file system) nfs на сервере работает от пользователя www-data все файлы правлю и в режиме онлайн они в браузере доступны, очень удобно Когда надо git - захожу на сервер по ssh и делаю коммит. в качестве IDE использую sublime который умеет подсвечивать все изменения в гите