Обычно для счетчиков стараются применять базы данных в памяти.В основном это Redis, но можно и MySQL использовать, просто указать хранилище в памяти и отключить транзакции. В большинстве своем счетчики обновляются на основе различных событий, например отправка комментария. Обновление делается в фоновом режиме.