"Что лучше" - зависит от каждого случая индивидуально, если ничего "лишнего" в проекте нет - можно использовать at + cron (для не частых проверок на наличие различного мусора, который по какой-то причине не был удалён, хотя, возможно это и не обязательно, глубоких тестов я не проводил...)