Добавалять/удалять листы в PDF можно с помощью IrfanView или того же imagemagic (консольный, можно автоматизировать процесс), правда там это делается с помощью разбора документа на страницы и склеивания нужных страниц обратно.

ABBY PDF Transformer - хорошая

Xpdf www.xpdfreader.com/download.html

Okular https://okular.kde.org/