Явно надо добавлять только в случае, если нужен один и тот же экземпляр (синглтон) во всем приложении, или если тайпхинтите интерфейсы, а методу надо предоставить конкретную реализацию интерфейса. В остальных случаях контейнер может сам подставить класс, без явной привязки к контейнеру. Почему так, а не создание через new - чтобы получить гибкость dependency injection и разруливание через dependency injection container, почитайте подробнее)

В контейнер кладут классы, прежде всего для того, что бы иметь возможность управления зависимостями. Иными словами, что бы иметь возможность подменить класс А на класс Б, при первой необходимости не затрагивая основные структуры программы, а так же для того, что бы система знала, где искать какой-либо класс, когда его запрашивают. И сделано это было отнюдь не для удобства реализации Синглтонов и т.п. Иными словами, контейнер - это часть реализации DI-механизмов, а не "синтаксический сахар".

В тестах их можно перекрыть и тем самым протестировать изолированно класс)