1. Как вы кастомизируете свои темы для Wordpress?
С чужими стараемся не работать вообще. Если приходится, то кастомизируем так, как это ложится в существующую тему с ее возможностями и ограничениями. ACF Pro рулит, конечно же.
2. Используете что-то типа Unyson?
Нет. Сам по себе Unyson - не более чем разрекламированный "фреймворк" (на самом деле нет, не фреймворк). Есть стартовая тема _s, но у любой команды / разраба с опытом достаточно быстро появляются свои наработки и свой starter kit. У нас все свое.
3. Верстать тему ручками моветон?
Нет. Как раз наоборот, все крупные и серьезные проекты (да, на WP такие есть) делаются только так - с нуля, ручками, без каких-то "фреймворков". Чаще всего с нормальным шаблонизатором (Timber/Twig например). Моветон - это использовать "премиум"-темы "тысяча-фич-в-одном".