Нужно понимать что система NTFS довольно богата возможностями. Поэтому иногда сложно, а то и невозможно оценить занимаемое файлом или папкой место на диске. Общий размер всех файлов в папке подсчитать в большинстве случаев не проблема, а вот сколько они места на диске занимают иногда вообще невозможно подсчитать.

Да кто его знает. Например дедупликация, или банальные симлинки с хардлинками.

Смотрите атрибуты папки

Видимо внутри папки лежат только ссылки на другие файлы и папки. Не использую тотал, поэтому могу только предполагать. Возможно в настройках можно включить, чтоб он анализировал размер по ссылкам.