Необходимо понимать, где статичные блоки, где динамичные; на какие элементы будут вешаться события и будут ли эти блоки подгружаться по аяксу; Если в разделе есть скрытые блоки (например попапы) НИКОГДА не уводи эти блоки куда нибудь в футер, они должны быть по структуре именно там, к какому блоку они относятся.